基于TCGA和GEO数据库——联合挖掘肾透明细胞癌诊断和预后的生物标志物

摘要

目的 基于基因表达综合数据库（GEO）和肿瘤基因图谱（TCGA）数据库生物学信息，筛选肾透明细胞癌（ccRCC）中差异表达的关键基因，并分析其预后价值。方法 从 GEO 数据库下载GSE40435和 GSE66272 表达数据作为测试数据集，鉴定出差异表达基因（DEGs）。利用生物本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析，探讨 DEGs 在ccRCC中的生物学功能。使用STRING数据库构建PPI网络，利用cytoHubba识别出Hub基因。从 TCGA 数据库获取ccRCC 表达数据作为验证数据集，初步验证Hub基因表达与ccRCC临床分期的相关性，在ccRCC组织和正常组织中的表达情况。最后，生成KM生存曲线和ROC曲线以验证Hub基因表达。结果 GSE40435和 GSE66272 测试数据集共筛选出差异基因 915个，上调基因396个，下调基因 529个。通过PPI网络构建和Hub基因分析，我们选择了前10个基因。利用TCGA 数据集证实10个Hub基因，发现6个关键基因即CEP55、ASPM、PTTG1、NUSAP1、KIF20A和PRC1，与ccRCC的早期诊断、肿瘤分期和不良预后有关。结论 ccRCC中六个异常表达的关键基因对早期诊断、肿瘤分期确定和不良预后预测具有重要信息价值。