网络药理学合并分子对接术对三棱治疗白血病的潜在分子机制研究
摘要
三棱活性成分及其对应靶点蛋白,借助 UniProt、PubMed 数据库查询活性成分对应的靶点蛋白基因名,采用 Cytoscape3.8.1
软件构化合物 - 靶点网络图。通过 DisGeNET 数据库查询与白血病相关的基因,借助 Bioinformatics & Evolutionary
Genomics 平台筛选三棱活性成分靶点与白血病疾病靶点的交集基因,利用 STRING 数据库构建其蛋白 - 蛋白相互作用(PPI)
网络;利用 STRING 和 DAVID 生物信息学 KEGG 通路富集分析和数据库进行基因本体(GO)分析。采用 Autodock 软
件对三棱的有效活性成分与核心蛋白基因进行分子对接。结果 经筛选共获得具有开发药物的三棱活性成分 5 个、靶点蛋
白 658 个。三棱活性成分靶点与白血病疾病靶点的交集基因共 33 个。GO 分析结果显示,GO 条目 28 个 P < 0.01),主要
涉及细胞过程化学反应、细胞生物调节、细胞应激、氮化合物代谢过程、高分子代谢过程、信号传导、细胞凋亡。KEGG
通路富集分析显示,三棱有效成分主要影响的通路包括肿瘤坏死因子信号通路、小细胞肺癌、钙通道、MAPK 信号通路、
PI3K-Akt 信号通路等。三棱的有效活性成分与核心基因 PTGS2、SIRT1、 JUN、IL4、MAPK14 有较强的结合能力。结论
三棱中的活性成分可能通过 IL-17 信号通路、甲状腺激素信号通路、MAPK、PI3K-Akt 信号通路作用于 PTGS2、SIRT1、
JUN、IL4、MAPK14 等靶点作用于白血病,为进一步研究三棱治疗白血病的药理学及作用机制提供理论依据。
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